KONAMI將會在任天堂3DS平台上推出《企鵝的問題戰爭》，並預定在12月15日發售。日前，本作的故事內容和遊戲要素公開，玩家能夠駕駛「企鵝基地核戰機」穿梭在三個時代間展開精彩故事。
在DS的前作裡，主人公「木下貝克漢」成為了「企鵝城市」的首領，為企鵝世界而展開了驚天動地的大冒險，最終保護了基地。然而故事到這裡還沒結束，某日，貝克漢的弟弟羅納爾多在企鵝基地裡發現了「企鵝基地核戰機」，當時誰也沒有猜到這會成為一場穿越時空的兄弟幹架的起因……
這次的故事將在過去、現在、未來三個時代的舞台上發生，玩家能夠使用不可思議的道具穿越時空！
作為「企鵝城市」的首領，在這作裡貝克漢能夠進行增設建築、選拔人才、釣魚、發掘寶藏的豐富的活動，完成任務還能領取對應的報償。
在城市中央的秘密基地「企鵝基地」裡可以進行城市設施和資金的管理，另外發射武器等戰鬥行為也能在這裡進行。
本作新增了謎之機器「企鵝基地核戰機」，玩家可以駕駛它飛上天空、在地圖各地冒險。
