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黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要脅其製作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。
對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。
真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相並表白後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。
哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。
蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。
服部建議柯南變回新一來喚醒蘭，科南只好如此。而柯南變身時被步美看到。
深夜步美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。
優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。
妃回到毛利身邊並要蘭去美國。
而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚。